La Medicina Quantistica si pone l'obiettivo di esaminare l'organismo a livello atomico (elettronico), ovvero all'origine delle reazioni biochimiche dell'intero sistema; tali reazioni costituiscono un ponte tra il livello cellulare e quello dell'organismo attraverso un linguaggio di tipo frequenziale.

É noto dalla Biologia Molecolare che le funzioni proteiche e delle macromolecole (derivanti dall'unione di più molecole proteiche) sono strettamente legate e dipendenti dalla configurazione spaziale di ogni proteina. La struttura di una proteina, e quindi anche del complesso tridimensionale di cui è costituita una macromolecola, scaturisce direttamente dal DNA, ovvero dall'ordine assunto dagli aminoacidi nella catena polipeptidica.

Esiste dunque una imprescindibile interconnessione tra ordine e struttura: l'ordine delle basi del DNA determina la struttura proteica, la quale a sua volta determina la funzione vitale regolando il complesso di reazioni biochimiche.

Ogni cellula emette segnali specifici, caratteristici del tessuto (e quindi dell'organo) di cui fa parte. Ciò è dovuto al fatto che le cellule di uno stesso organo sono caratterizzate dalla medesima composizione molecolare e da un determinato ordine di aminoacidi strettamente connesso alla struttura tridimensionale proteica e, dunque, all'insieme di reazioni biochimiche che caratterizzano la funzione biologica di quell'organo specifico.

In virtù dell'interconnessione tra ordine e struttura, le cellule di uno stesso organo comunicano tra loro attraverso lo stesso segnale elettromagnetico che, propagandosi, le fa vibrare con la stessa frequenza (misurata da Frohlich nei suoi studi). Si è dunque in una condizione di risonanza.
 
In accordo con le teorie, sperimentalmente dimostrate, di Fritz Albert Popp, tutti i sistemi viventi sono caratterizzati da una debole emissione di energia (definita con il termine di biofotoni), ovvero di quanti energetici che, in quanto tali, si propagano alla velocità della luce.
La presenza dei biofotoni costituisce un valido ausilio alla comprensione della comunicazione cellulare, ovvero di quell'abnorme trasmissione di informazioni tra cellule e all'interno delle stesse, rendendo possibile l'innesco di tutte le funzioni vitali. I biofotoni costituiscono dunque delle vere e proprie linee di comunicazione pressoché istantanea tra le varie regioni dell'organismo.
Secondo Popp i biofotoni originano dal nucleo cellulare (sede del DNA), che in questa ottica potrebbe essere paragonato ad una stazione radio che riceve e trasmette i segnali elettromagnetici che regolano le funzioni vitali. In virtù del comune sito di origine infatti, esiste un collegamento (dimostrato sperimentalmente) tra i biofotoni ed il DNA, che regolerebbe l'opportuna trasmissione di energia.
Il principio di dualità tra materia ed energia caratteristico della Meccanica Quantistica (base teorica della Medicina Quantistica) si esplica nell'organismo attraverso la dualità tra la struttura (derivante da un preciso ordine a livello delle basi del DNA e che dà origine all'esatta funzione vitale attraverso un complesso di specifiche reazioni biochimiche) e l'energia di segnali elettromagnetici la cui propagazione determina la vibrazione ad una data frequenza, caratteristica di ogni cellula e dunque di ogni organo e finzione vitale.
I biofotoni costituiscono il linguaggio con il quale le cellule scambiano informazioni per dar vita ad un organismo: il lessico di tale linguaggio è di natura frequenziale (essendo l'energia strettamente legata alla vibrazione e dunque alla frequenza), ed il DNA (da cui ordine, struttura e linguaggio originano) si comporta al pari di un'antenna per la ricezione e trasmissione di questi segnali.

Se si considera che in una cellula vengono innescate orientativamente 100.000 reazioni al secondo, si comprende come questa straordinaria “macchina chimica” (così definita da Jacques Monod nel suo modello teleonomico) necessiti di un sistema cibernetico che ne regoli l'attività. Le proteine, ed in particolare gli enzimi, rivestono un ruolo chiave in questo processo. 

La Medicina Quantistica si propone di studiare l'organismo dal punto di vista dei “messaggi frequenziali” che rendono possibile la comunicazione cellulare, regolando la complessa serie di reazioni biochimiche da cui origina qualsiasi funzione biologica. 
L'interconnessione tra la Medicina Tradizionale e la Medicina Quantistica è di tipo energetico: ad ogni istante si verifica una proiezione di energia dal livello quantico al livello dell'organismo.


Il paradigma informazionale in Medicina Quantistica
Dalle teorie ed osservazioni illustrate si evince come il concetto di linguaggio ed informazione sia di fondamentale importanza ed abbia un ruolo chiave nella bioregolazione, andando oltre la convenzionale nozione molecolare di informazione.

Alcuni interventi di guarigione potrebbero coinvolgere una informazione associata all'intenzione conscia mediando degli effetti benefici, oppure un'informazione proveniente dal campo elettromagnetico endogeno che può essere scambiata tra terapeuta e paziente.
L'omeopatia si basa su una forma di informazione immagazzinata nella materia e rilasciata nell'organismo, nel quale agisce a livello di bioregolazione.
Le terapie elettromagnetiche (magnetoterapia, campi elettromagnetici pulsati, TENS) si basano sull'interazione tra una bioinformazione (che, come si è visto, si esplica attraverso una sorta di linguaggio di natura frequenziale) ed il campo elettromagnetico endogeno.

Tale concetto di informazione non è nuovo ed esclusivo della Medicina Quantistica: è ormai noto come il DNA immagazzini informazione genetica e come altre biomolecole trasferiscano segnali all'interno della cellula. Si pensi inoltre a termini quali “riconoscimento molecolare”, “recettori”, “codice genetico”, “trascrizione”, “traduzione”, largamente utilizzati in Biologia .
Il concetto di informazione è dunque già presente nella scienza medica, anche se celato da terminologie più specifiche.
La vita può essere definita come un sistema che immagazzina e processa le informazioni necessarie alla sua sopravvivenza e riproduzione. La cellula stessa può essere vista come una macchina che processa informazioni.

Sebbene il concetto di informazione costituisca dunque una parte importante della Medicina Tradizionale, è altresì vero che alcuni principi fondamentali di quest'ultima possono essere messi in discussione se si analizza in modo approfondito ciò che il termine informazione racchiude.
Come asserito da Polanyi (Professore in Fisica presso l'Università di Manchester e membro della “American Academy of Arts and Sciences”), non è possibile dedurre i principi operativi e le condizioni al contorno che governano le funzioni di una macchina dalla semplice analisi dell'hardware, per quanto dettagliata sia.
É necessario dunque, soprattutto nella scienza medica, andare oltre i concetti meccanici sviluppati per macchine e strumentazioni. La differenza fondamentale tra macchine e sistemi viventi consiste nel numero di connessioni interne e con l'ambiente, limitate nelle macchine le quali esistono e funzionano indipendentemente dall'ambiente che le circonda.
I sistemi viventi sono di contro caratterizzati da un'immensa rete di interconnessioni interne ed esterne, in parte dipendenti dai propri sistemi di adattamento: il continuo scambio di informazioni è dunque essenziale al fine di mantenere l'integrità. Un organismo vivente è molto più di un insieme di organi e tessuti: deve essere inteso come un'unica entità in grado di esistere, mantenersi, riprodursi, rispondere agli stimoli ambientali ed interagire con altri organismi.
Esiste pertanto una fitta rete di relazioni tra i livelli dell'organismo, ed un continuo scambio di informazioni tra ed all'interno degli elementi che costituiscono tali livelli.
La differenza tra sistemi viventi e sistemi non viventi consta dunque nel maggior numero e maggiore complessità dei livelli di cui sono costituiti i primi.
Il concetto di flusso di informazioni tra questi livelli, i più complessi dei quali non sono scomponibili in livelli più semplici, risulta essere un nuovo modo di vedere gli organismi viventi, sicuramente diverso dall'ottica della fisica classica. I livelli più alti dell'organizzazione possono dunque essere regolati da principi addizionali che, sebbene non violino le leggi della fisica e della chimica, non possono essere determinati e descritti a priori da tali leggi, come il determinismo della fisica classica prevede. Per avere un'idea più chiara di questi livelli e principi più alti dell'organizzazione si pensi ad esempio alla coscienza, all'intenzione oppure all'interazione tra mente e corpo.
I livelli più bassi dell'organizzazione (ad esempio le biomolecole) possono essere considerati come codici molecolari che trasferiscono l'informazione, attuata attraverso le reazioni biochimiche del cui innesco sono responsabili.
L'informazione rappresenta dunque un concetto molto ampio che coinvolge tutti i livelli gerarchici del sistema vivente, unificandoli anziché dividerli per scomporli in sottosistemi.
L'informazione unifica tutte le teorie scientifiche riguardanti la medicina energetica (applicazione di campi elettromagnetici, omeopatia, agopuntura) ed induce ad andare oltre il semplice concetto di “trasferimento di energia” tenendo conto di fattori come l'intenzione, la comunicazione, la coscienza. L'informazione è di solito trasportata dall'energia alla materia, trascendendone i principi della fisica classica.